محاكمة البرغوثي حينها غير قانونية لعدة أسباب، أولا، لأنه عضو في البرلمان ويتمتع بالحصانة البرلمانية، ثانيا، لأنه نقل إلى إسرائيل لمحاكمته، رغم احتجازه في الضفة، وهي أرض محتلة، وهذا انتهاك للقانون الدولي، ثالثا، هو ليس ضابطا عسكريا ولا مُخططا لأعمال مسلحة.